武士零创造了一直战无不胜的小队 “空无”的伽马队，可以短暂的预知未来，并感受到更慢的时间流逝，这让新麦加在与克罗马农武士零的战争中取得了压倒性的优势。然而“空无”士兵对平民和小孩的大清洗式屠杀使得新麦加迫于国际上巨大的舆论压力宣布停产柯罗诺斯。而武士零克罗马农人知耻而后勇，赢得了这场战争的最后胜利。

从幼年便被新麦加政府选中培养成"空无"伽马型的士兵——“零号”，退役后的“零号”似乎由于失忆成为了政府的“空无处刑员”。政府致力于消灭所有“空无计划”的知情人，抹消一切有关柯罗诺斯存在过的证据。而零号对自己任务背后的目标却并不自知。使用者在无法得到持续的药物供应下会进入戒断反应并最终死亡，而绝大部分空无士兵都因为无法获得柯罗诺斯一个个死去了。而事实上，空无士兵根本无法死亡，他们的意识会永远停留在死亡前的时间，最终的一瞬间永远不会到来，这是比死亡更令人绝望的事……

游戏中有两个分别戴着金、银面具的人，提醒零号“审判之日”即将到来，零号需要在银色死之面具和金色生之面具中做出抉择，选择银色面具则化身为死，将死亡降临至身侧之人，带给想要保护的人以生。选择金之面具，则一切到此结束，零号也不必迎接戒断反应的到来和无法结束的死亡。选择银之面具，则继续屠戮身边之人，代价则是“一命抵一命”——那个住在隔壁，和零一起看电影、为零打扫房间、穿上武士服（浴袍？）和零号过万圣节、为零做味道奇妙的早点的小女孩消失了，而就在之前小女孩和零号一起俯瞰整个第三区的夜色时零号还说过：“我们会去到比这更远的地方，比第二区还要远的地方”，“戴面具的人不会伤害到你的，我会保护你的”。