说完了时间和环境，接下来就该进入正题，讲讲孤岛惊魂新曙光里的剧情和人物了，本作的主角“队长”仍旧是和前作的主角“郡警”一样，一言不发的沉默角色，可能是因为让玩家自由捏脸和选择性别的缘故吧，找不到孤岛惊魂新曙光所有地图固定的NPC来交互。主角所在的组织由托马斯·瑞许所领导，是一个在核爆过后组织起来，负责重建聚落和安置人民的团体，个人理解不是一个专门战斗的团队，主角之所以这么能打是因为他是团队的安保队长。

主角所在的团队在收到希望郡邀请，前往希望郡幸存者建立的聚落——繁荣镇，帮助重建的路上遭到了暴徒组织“拦路强盗”的伏击，引出了本作的反派——“拦路强盗”的头目米歇尔和露易丝双胞胎姐妹，在被包围的情况下，主角被瑞许推下悬崖落入水中得以逃生（这个熟悉的开场让我想起了第三部的开头），之后被幸存者女孩卡米纳发现并且协助主角到达了繁荣镇，开始以此为据点对抗“拦路强盗”。在主角等人的反抗有了一定成效后，双胞胎带领强盗对繁荣镇进行了围攻，使小镇死伤惨重，瑞许提出让主角前往北方寻求圣父的追随者“新伊甸”的帮助，主角别无选择，但当时我的内心是很反感与这个前作的反派头子的cult合作的。当到达“新伊甸”后，发现领导者是圣父的儿子伊森，圣父本人已经离开，去往北方的圣堂，伊森认为父亲抛弃了新伊甸，于是自己带领伊甸信徒建立聚落和对抗强盗，但信徒的心中仍然相信有一天圣父会回来。伊森请主角前往圣堂，带回圣父已死的证据，以此便能巩固自己的领导地位，作为交换他将帮助繁荣镇对抗双胞胎。驾船穿越禁区到达圣堂的主角，发现圣父并没死亡，而是隐居于此，忏悔自己过去的罪孽，圣父相信主角的心灵纯洁，是上帝派来，是伊甸信徒的牧者，于是给了主角以神圣果实的力量（孤岛惊魂的魔幻画风从第四部开始已经打不住了），并跟随主角回到了新伊甸的聚落。归来的圣父在信徒的呼声中重新变成了领导，并宣称主角是上天的牧者。

这引起了伊森的愤恨，他认为父亲在危急时刻抛弃了信徒，又把神圣的力量给了一个外来者，甚至夺去了自己的领导地位，在仇恨的驱使下，伊森秘密地找到了双胞胎，承诺只要“拦路强盗”毁了新伊甸，自己就把圣果实的力量交给强盗。当主角连忙赶到新伊甸的聚落，那里早都是一片火海，在这里主角和双胞胎展开决战，并最终杀死了露易丝，重伤的米歇尔告诉主角，伊森去北边的圣堂和圣父对质，并让主角做他该做的事，我在这里选择不杀死米歇尔，仅仅是个人选择而已，认为对剧情影响不大。到达圣堂后，伊森不顾父亲的劝阻吞下了圣果实，但由于其“心灵的不纯洁”，变异成了某种怪物（外形类似于第四部的雪怪），在主角将其打倒后，变回人形的伊森死在了圣父的眼前。失去所有亲人的圣父认为自己只会以上帝之名带来死亡和灾难，自己从未理解过上帝的计划，于是抓起主角握着枪的手，把枪口抵在自己的胸前，恳请主角以上帝手中的正义“解放”自己，同样是一个选择节点，我再一次选择了不开枪，于是圣父跪在地上，朝天大喊着“解放我”。在最后，主角和卡米纳来到了牺牲的瑞许墓前，感慨了繁荣镇的曲折经历和希望郡的未来，对白的最后一句话，是卡米纳所说的：“敬希望。”